Chặt phá rừng là sự chuyển đổi các khu vực rừng thành khu vực không còn rừng. Các nguồn chính của chặt phá rừng tại Amazon là các khu định cư của con người cũng như sự phát triển đất trồng[11]. Cho tới đầu thập niên 1960, việc tiếp cận phần bên trong của rừng bị cấm đoán chặt chẽ, và về cơ bản rừng còn khá nguyên vẹn[12]. Các trang trại thành lập trong thập niên 1960 dựa trên gieo trồng cây lương thực bằng phương pháp chặt và đốt rừng. Tuy nhiên, những người dân tới đây định cư đã không thể quản lý đồng ruộng và mùa màng của họ do đất đai nhanh chóng mất độ màu mỡ cũng như sự xâm lấn của cỏ dại[13]. Đất đai tại khu vực Amazon chỉ có thể tạo ra những mùa màng bội thu trong một khoảng thời gian ngắn, vì thế những người nông dân phải thường xuyên di cư tới những khu vực mới và dọn quang thêm nhiều đất đai[13]. Các hoạt động nông nghiệp như thế này đã dẫn tới sự phát quang rừng và gây ra tổn thất môi trường rộng lớn[14].

Trong khoảng thời gian từ năm 1991 tới năm 2000, tổng diện tích rừng bị mất trong khu vực Amazon tăng từ 415.000 tới 587.000 km², với phần lớn diện tích rừng bị chặt phá biến thành bãi chăn thả gia súc[15]. Bảy mươi phần trăm đất đai trước kia là rừng tại Amazon, và 91% đất đai bị mất rừng kể từ năm 1970, được sử dụng để làm bãi chăn thả gia súc[16][17]. Ngoài ra, Brasil hiện tại là nhà sản xuất hàng thứ hai trên thế giới về đậu tương sau Hoa Kỳ. Các nhu cầu của các trang trại sản xuất đậu tương được dùng để hợp lệ hóa và phê chuẩn nhiều dự án vận tải gây tranh cãi mà hiện tại đang được phát triển trong khu vực này. Hai đường cao tốc đầu tiên chạy xuyên qua rừng mưa đã làm tăng sự định cư và chặt phá rừng. Tốc độ chặt phá rừng trung bình hàng năm từ 2000 tới 2005 (22.392 km²/năm) là 18% cao hơn so với 5 năm trước đó (19.018 km²/năm)[18]. Với tốc độ hiện tại, trong hai thập niên thì rừng mưa Amazon sẽ giảm khoảng 40 %[19].